ba7gar: FW: metodos Figura 1 Narnavirus

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From: ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ
Sent: Wednesday, January 23, 2019 6:53 AM
To: Laila Pamela Partida Martinez; Faviola Cardoso Martinez; faviolacardoso@gmail.com
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Laila

Me parece bien tener la junta a esa hora, yo ya ando por acá solo espero a Paco.

Saludos y hablamos en un rato más.

De: Laila Pamela Partida Martinez
Enviado: miércoles, 23 de enero de 2019 08:43 a. m.
Para: ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Faviola Cardoso Martinez; faviolacardoso@gmail.com
Asunto: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Astrid!

Gracias por comentarnos de tus resultados! y si, el tener la cepa complementada confirmada es crucial, así es que ni modo, a trabajar en ellas.

Sería viable probar las dos opciones:

co-cultivo de 814 b-v+ con 814 b+v-
co-cultivo de 814 b-v- con 814 b-v+, esta combinación no esporula y daría primero 814 b-v+, y una vez confirmada esta entonces co-cultivarla con B7 para dar la 814 b+v+ de nuevo.

Qué fue lo que paso con la primera ronda de "complementación"? ...

Necesitamos hacer estos experimentos de forma muy cuidadosa, ya que de eso depende la caracterización de la esporulación, el mating y la producción de rhizoxin...

A las 9:30 am hablo con Paquito para probar el skype desde la sala de juntas. Quieres Astrid que hablemos entonces?.. sería bueno. Ojalá puedas Astrid!

Y si, no más análisis hasta tener esto listo!

Laila

Dra. Laila Pamela Partida Martínez
PI Laboratory of Microbial Interactions
CINVESTAV - Irapuato
Km. 9.6 Libramiento Norte Carr. Irapuato-León
C.P. 36824, Irapuato, Gto.
Tel. Ofna. +52 (462) 623 9658
Tel. Lab. +52 (462) 623 9460
http://www.ira.cinvestav.mx/Microbial-Interactions.aspx
http://www.researcherid.com/rid/A-5935-2009

From: ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ
Sent: Wednesday, January 23, 2019 7:48:37 AM
To: Laila Pamela Partida Martinez; Faviola Cardoso Martinez; faviolacardoso@gmail.com
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Favi y Laila

Como saben las últimas semanas he estado trabajando en la estandarización y cuantificación relativa de los genes del cluster del rhizoxin en las variantes y wt de la 814, incluyendo la del experimento de complementación "b+v+". Sin embargo, en esta última no he podido confirmar la presencia de los virus. Mis controles para hongo y bacteria (ITS, 16S y housekeeping Rm y Br) han salido bien en todas las cepas pero los virus ya no me amplificaron en la "complementación". A la par hice un ensayo de confrontación de Rhizopus con Trichoderma atroviride y la supuesta "b+v+" tampoco inhibe el crecimiento del micoparásito como las cepas silvestres 813 y 814. Esto coincide con el último HPLC que hizo Favi en donde no encontró ningún pico característico de rhizoxin.

Aún me falta correr algunos geles con los productos de las qPCRs para enseñarles bien la evidencia, pero decidí comentarles por que justo hoy sale la tercer fermentación que pusimos en VK para la extracción de rhizoxin de la "b+v+". Considero que no es conveniente que repitamos toda la extracción hasta que tengamos una cepa confirmada tanto para bacteria como para virus. La alternativa que propongo es intentar una nueva complementación pero co-cultivando a la 814 b-v+ y doble curada (b-v-) con B7 como ya lo habíamos hecho antes en el laboratorio de forma exitosa (con otras cepas de Rhizopus). Con esta estrategia conseguiríamos restablecer el fenotipo silvestre y el "b+v-" que no produce rhizoxin y esporula más.

Sé que estos resultados retrasan más nuestra publicación pero he estado resembrando todas las cepas, incluyendo las Burkholderias, y tengo el material suficiente como para comprometerme a tener listas las dos cepas complementadas la siguiente semana.

Quedo a la espera de sus comentarios y del visto bueno de Laila

Saludos

Dra. Astrid Nalleli Espino Vázquez

Posdoctoral researcher

Laboratory of Microbial Interactions

CINVESTAV, Irapuato

Libramiento Nte Carr. Irapuato-León Km 9.6

C.P. 36821

De: Laila Pamela Partida Martinez
Enviado: miércoles, 23 de enero de 2019 02:06:20 a. m.
Para: José Roberto Bermudez Barrientos; ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Cei Abreu Goodger
Asunto: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Beto!

Gracias por tu mensaje! y si, ayer envie las secuencias corregidas del 23S al GenBank.

Por otro lado, desde hace meses (no quiero revisar los correos para darte la fecha exacta porque me frustra) te he solicitado que por favor revises si hay alguna otra secuencia de mycovirus (RdRp) en las librerías de R. microsporus que analizaste. Una de las fechas límites que fijamos era tener esa información en Diciembre pasado.

Esta información es importantísima para el artículo, ya que la interpretación de los resultados experimentales que hemos generado depende de ella, especialmente si la curación que hizo Astrid afectó sólo a los narnavirus o quizá a otros que potencialmente también estén ahi.

Hasta el momento los geles de RNA que Astrid ha preparado usando todas las cepas que tenemos disponibles NO muestran evidencia de otros potenciales virus, pero es necesario que tu confirmes estos resultados asap.

No pienso enviar ningún artículo a revisión, y menos a Nature, si no contamos con esa información, así es que espero(amos) tu respuesta.

Cuándo terminas estos análisis? o me pasas a mí esta información (los contigs ensamblados y NO mapeados) y yo los hago?...

Saludos,

Laila

From: José Roberto Bermudez Barrientos
Sent: Saturday, January 19, 2019 2:28:45 PM
To: Laila Pamela Partida Martinez; ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Cei Abreu Goodger
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Laila,

Transdecoder es el programa que utilicé para encontrar los ORFs en estas secuencias,

Para la secuencia 20S encuentra el ORF en la cadena +

Para la secuencia 23S encuentra el ORF en la cadena –

Decidí reportar las secuencias directamente como las ensambló Trinity.

Según recuerdo los datos de Stephen y Teresa no preservan la información de la cadena, creo que esto podría influir en el ensamble de las secuencias y en la cadena que se reporta al final.

Pensando en todo lo anterior creo que fue un error de mi parte no reportar el reverso complemento de la secuencia RmNV-23S.

Yo considero que tenemos los elementos necesarios para estar seguros que se trata de un Narnavirus como lo es la filogenia

PD: la filogenia se hizo con las secuencias de aminoácidos.

Saludos,

Beto

From: Laila Pamela Partida Martinez <laila.partida@cinvestav.mx>
Date: Tuesday, January 15, 2019 at 06:03
To: José Roberto Bermudez Barrientos <jose.bermudez@cinvestav.mx>, ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ <astrid.espino@cinvestav.mx>, Cei Abreu Goodger <cei.abreu@cinvestav.mx>
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Beto!

Saludos y desde hace varias semanas tengo la duda sobre la secuencia del 23S.

De acuerdo a la secuencia de nucléotidos del 23 S que me enviaste, ésta se traduce de 3´a 5´. Es esto correcto?

La secuencia del 20S si se traduce de 5´-3´, por lo que potencialmente si es una molécula positiva de RNA (la definición de texto de los narnavirus). Es la de 23S una molécula negativa? gracias por ayudarme a confirmar!

Claro, si saco la secuencia complementaria de la secuencia 23S que me enviaste, entonces ya es positiva, pero quiero entender por qué la reportaste como negativa. Gracias!!

Laila

From: Laila Pamela Partida Martinez
Sent: Friday, January 11, 2019 1:45:21 AM
To: José Roberto Bermudez Barrientos; ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Cei Abreu Goodger
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Gracias Beto!

Confirmo de recibido.

Finalmente, hay algún otro mycovirus en R. microsporus?... ojalá no, pero ya nos dirás.

Saludos,

Laila

From: José Roberto Bermudez Barrientos
Sent: Thursday, January 10, 2019 11:36:40 AM
To: Laila Pamela Partida Martinez; ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Cei Abreu Goodger
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Va Figura 1 con ejes Y consistentes

Saludos,

Beto

From: Laila Pamela Partida Martinez <laila.partida@cinvestav.mx>
Date: Thursday, January 10, 2019 at 02:46
To: José Roberto Bermudez Barrientos <jose.bermudez@cinvestav.mx>, ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ <astrid.espino@cinvestav.mx>, Cei Abreu Goodger <cei.abreu@cinvestav.mx>
Subject: Re: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola Beto!

Confirmo de recibido.

Reviso la información y cualquier duda te contacto.

Recibiste mis comentarios a la Figura 1?

Un abrazo a cada uno desde la nevada Jena!

Laila

From: José Roberto Bermudez Barrientos
Sent: Wednesday, January 9, 2019 3:12:22 PM
To: Laila Pamela Partida Martinez; ASTRID NALLELI ESPINO VAZQUEZ; Cei Abreu Goodger
Subject: metodos Figura 1 Narnavirus

Hola a todos,

Aquí les mando mis métodos con respecto a la figura 1 de la publicación del Narnavirus

También adjunto las tablas suplementarias correspondientes.

Saludos,

Beto

MSc José Roberto Bermúdez Barrientos

RNA Computational Genomics lab

Cinvestav Irapuato, MX

ba7gar

الأربعاء، فبراير 06، 2019

FW: metodos Figura 1 Narnavirus

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